Normalmente, yo hago esto con fichas de cartulinas, como digo, pero ahora me he bajado un programa de internet llamado Text Block Writer, que es freeware y permite crear tarjetas o fichas virtuales que se pueden exportar a RTF.
Con este sistema se pueden crear tramas completas en muy pocos días. También se pueden usar para personajes, pero para eso prefiero los típicos "Character Charts" o plantillas de personajes, que son más completos.